1951年始建，前身浙江省航运公司湖州分公司，1989年5月下放湖州时改名湖州市航运总公司，1994年1月更现名。市属唯一国有航运企业。1990年末，职工5136人，年客运量180万人次、周转量3650万人公里，年货运量313万吨、周转量64232万吨公里。1991年末，固定资产原值6143万元、固定资产净值4350万元，有机动船76艘、非机动船443艘、货驳4万吨位，年货运量300万吨。1993年9月停开所有客运航班，利用原客运码头设施组建湖州通达经营公司、湖州市旅行社、湖州市货物储运公司、飞乐歌舞厅、湖航航修站5个内部独立核算商贸单位，大多无发展前景。1994年货运首次出现亏损，后连年亏损，成为全市特困企业。1995年，国有资产重新评估，固定资产原值13919万元、固定资产净值8801万元。1998年起实施“调整结构、改革改制、水陆分离、化整为零、精干主业、减员增效，辅之必要政策扶持”，消化冗员，维持生产经营。同年起，公司优化运输方式，调整船舶结构，发展以300吨级为主体大吨位新型自航驳，逐步替代传统一列式拖带运输方式。至1999年5月，有5艘新建的300吨级自航驳投入运营。2003年，职工2016名（其中内退、下岗等职工647名），固定资产原值10533万元、固定资产净值5754万元。下属18家单位先后改制或关停并转，湖州市自强水泥厂设备、厂房等（除土地资产外）1998年4月有偿转让给湖州弁南茅柴园灰石矿业主，318名职工、248名退休人员归公司内部分流安置。湖航船厂1998年11月整体划出，作为一级法人单位由湖州市交通局委托市航管处管理，2001年12月27日由市中级人民法院裁定宣告破产。湖州旅行社1999年3月成建制（无偿转让）给市青年联合会；湖州交通医院资产1999年5月有偿转让给湖州市青年科技发展中心。湖州客运码头2000年10月转让建成湖州汽配市场。公司其他14家商贸单位先后关停，歇业、撤销，人员全部由公司内退、下岗、分流安置。2005年底，公司在职职工1334人，有拖轮31艘、货驳22940吨、大吨位自航驳31艘（9050吨位）。企业由原集运输、工业、商贸一体化实业公司，变为单一水上货物运输公司。

截至2023年末，公司共有船舶20艘1.65万吨，主要从事浙能、华能电煤运输。当年完成电煤运输168.46万吨、集装箱运输6275 TEU。各类人员2985人，其中在职职工63（其中岸上在岗5人、水上在岗6人）、退休人员2661人、离休人员4人、各类抚养人员180人、原船厂协保人员77人。